La zona en la que confluyen los territorios de Perú, Brasil y Colombia es un punto caliente para el comercio ilegal de especies amazónicas. Sin embargo, varias organizaciones de la sociedad civil y autoridades llevan adelante proyectos y políticas para combatir este delito.
La sobrepesca, la ganadería, la minería ilegal de oro y la deforestación son algunas de las amenazas que han reducido la cantidad y calidad de pesca en la cuenca amazónica. Las hidroeléctricas mal diseñadas o de embalse actúan como barrera para la migración de peces
Conservar los páramos redunda en la salud de las fuentes hídricas de la cuenca amazónica. Un informe realizado por un equipo de expertos convocados por WCS destaca 3 objetivos de conservación del agua de la Amazonía, entre ellos, el cuidado de los humedales, las llanuras
